Baseia-se no método da Ciência Espiritual ou Antroposofia, fundada na Europa por Rudolf Steiner, no começo deste século. Já em 1921 a Dra. Ita Wegman, médica formada e atuando em Zürich fundou a clínica na cidade suíça de Arlesheim, que mais tarde recebeu seu nome e que perdura até hoje. A Medicina Antroposófica é uma ampliação da Medicina Acadêmica. Esta baseia-se nos métodos das ciências naturais, que nos permitem penetrar em todos os detalhes da natureza física ou corporal do organismo humano. A Medicina Antroposófica distingue, além da organização puramente física do homem, outras três organizações:

- organização vital que ordena os fenômenos físicos como fenômenos viventes;

- organização anímica que reordena por sua vez os fenômenos físicos e vitais de forma a possibilitar a aparição da consciência;

- organização espiritual, absolutamente individual de homem para homem, e que organiza as outras três instâncias como uma organização biológica individual. Tal como a Medicina Acadêmica, que se baseia no método das ciências naturais, a Medicina Antroposófica baseia-se no mesmo método para o conhecimento do homem físico; mas para o conhecimento das organizações vital, anímica e espiritual. Essa visão ampliada repercute também na terapêutica, que se utiliza de medicamentos naturais, obtidos dos três reinos da natureza (mineral, vegetal e animal) devidamente preparados e dinamizados, além de outras formas terapêuticas como por exemplo terapia artística, eurritmia curativa, massagem rítmica, hidroterapia, fricções, musicoterapia, quirofonética, etc. Os médicos que praticam a Medicina Antroposófica têm a sua formação convencional, são registrados no Brasil nos Conselhos Regionais de Medicina, e fizeram uma formação específica complementar em Medicina Antroposófica no país ou no exterior.